업계, 유전자 편집 치료제의 차세대 염기서열 분석(NGS) 안전성 평가에 관한 FDA 지침 초안을 지지하면서 보다 명확한 기준 제시를 요구함

2026년 7월 17일

제약 업계는 임상시험용 인간 유전자 편집 치료제의 안전성을 평가하기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS)을 활용하는 것과 관련하여, 미국 식품의약국(FDA)이 발표한 지침 초안을 전반적으로 지지했습니다. 다만 업계 단체들은 오프타겟(Off-target, 표적 외) 편집 분석, 타겟 후보 부위 선정 방식, 제조 공정 변경 후 요구사항 등에 대해서는 추가적인 명확화를 요청했습니다.

FDA는 2026년 4월에 해당 지침 초안을 공개했습니다. 이 지침은 임상시험용 인간 유전자 편집 제품의 임상시험 진입을 뒷받침하기 위해 비임상 연구에서 사용되는 NGS 기반 방식에 초점을 맞추고 있습니다. FDA는 의견 제출 마감일까지 30건 이상의 의견서를 접수했습니다.

미국바이오협회(BIO), 미국제약협회(PhRMA), 일라이 릴리(Eli Lilly)를 포함한 업계 단체들은 이번 지침이 유전자 편집 치료제에 대한 보다 예측 가능하고 과학에 기반한 규제 틀을 마련하는 중요한 계기가 될 것이라며 환영했습니다.

PhRMA는 지침 초안이 잠재적인 오프타겟 편집 및 유전체 안정성 리스크를 평가하기 위한 NGS 기술 적용에 대해 유용한 권고사항을 제공한다고 평가했습니다. BIO 역시 FDA의 리스크 기반 접근 방식을 지지하며, 이번 지침이 염기서열 분석 방식 선정, 생물정보학적 투명성, 변이 인지 분석, 염색체 안정성 평가에 대한 방향성을 제시한다고 덧붙였습니다.

업계가 명확한 설명을 요청한 핵심 분야 중 하나는 체내(In vivo) 유전자 편집 제품의 오프타겟 편집 분석입니다. 지침에서는 표적 조직을 대표하는 세포 유형과 목표한 온타겟(On-target, 표적) 편집 비율을 달성하는 편집 조건을 사용할 것을 권장하고 있습니다. 적절한 세포를 구하기 어렵거나 체외(In vitro)에서 사용하기 힘든 경우, 개발사는 대안적 접근 방식을 입증해야 합니다.

BIO와 일라이 릴리는 오프타겟 분석에 비표적 조직을 포함해야 하는 시점을 지침에 더 명확히 정의해야 한다고 밝혔습니다. 조직 친화성이 강하고 표적 조직 외 노출이 제한적인 체내 제품의 경우, 체외에서 포화 농도로 비표적 세포 유형을 시험하는 것은 임상적 연관성이 떨어질 수 있다고 주장했습니다.

업계 관계자들은 오프타겟 부위 선정 방식에 대해서도 명확성을 요구했습니다. 지침 초안은 오프타겟 후보 부위를 식별하는 잠재적 접근 방식으로 컴퓨터 예측(In silico) 방식, 생화학적 분석, 세포 기반 분석을 제시하고 있습니다. BIO와 일라이 릴리는 FDA가 이 세 가지 접근 방식을 항상 모두 요구하는 것은 아니며, 작용 기전에 적합한 조합도 허용될 수 있음을 명시적으로 밝혀줄 것을 권장했습니다.

이 항목은 유전자 편집 기술이 기존의 뉴클레아제(효소) 기반 시스템을 넘어 다양화됨에 따라 특히 중요해졌습니다. 염기 편집기, 닉케이스 기반 시스템, 후성유전체 편집기, 트랜스크립톰 편집기의 경우 작용 기전에 따라 각 후보 선정 도구의 민감도와 유용성이 달라질 수 있기 때문입니다.

또 다른 주요 피드백 분야는 제조 공정 변경 후의 품질·제조·품질관리(CMC) 요구사항입니다. 지침 초안은 주요 공정 변경이 편집기 활성이나 온타겟 편집 비율에 영향을 미쳐 오프타겟 프로필을 변화시킬 수 있는 경우, 추가적인 오프타겟 분석이 필요할 수 있다고 명시하고 있습니다.

재생의료연합(ARM)과 PhRMA는 제조 공정이 변경되었을 때, 특히 후기 개발 단계, 공정 증설(Scale-up), 생물학적 제제 품목허가 신청(BLA) 준비 과정에서 어느 정도 수준의 분석이 요구되는지 세부 정보 제공을 요청했습니다. 업계 단체들은 임상 공정과 상업화 공정 간의 브릿징 연구에 대한 명확한 기준이 마련된다면 개발사에 큰 도움이 될 것이라고 밝혔습니다.

아울러 PhRMA는 혁신 유전자 편집 제품을 개발하는 회사가 INTERACT 회의 및 IND 신청 전(Pre-IND) 미팅을 적기에 활용할 수 있도록 보장해줄 것을 FDA에 촉구했습니다. 지침 초안은 오프타겟 연구 계획에 대해 규제 기관과 초기부터 소통할 것을 권장하고 있지만, PhRMA는 개발사들이 유전자 편집과 관련된 구체적인 사안을 논의할 기회를 제때 얻는 데 어려움을 겪고 있다고 지적했습니다.

전반적으로 이번 피드백은 유전자 편집 치료제에 대한 NGS 기반 안전성 기준을 확립하려는 FDA의 노력을 광범위하게 지지하면서도, 편집 기술, 전달 플랫폼, 제조 공정이 지속적으로 발전함에 따라 규제의 유연성이 필요하다는 점을 강조하고 있습니다.