AAV Knockdown 바이러스 명명 방식 및 표준 표기

AAV(Adeno-Associated Virus, 아데노부속바이러스) 기반 knockdown 벡터는 일반적으로 knockdown 전략, 벡터 구조, 표적 유전자, 혈청형, 리포터 유전자 등에 따라 명명됩니다. 표준화된 명명 방식은 실험 설계, 바이러스 주문, 데이터 관리 및 논문 작성에서 매우 중요합니다.

1. 일반적인 명명 형식

AAV knockdown 바이러스는 일반적으로 다음과 같은 형식으로 표기됩니다.

AAV-혈청형-프로모터-knockdown 요소-표적 유전자-리포터 유전자

예:

AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP

의 의미는 다음과 같습니다.

• AAV9 혈청형
• U6 프로모터에 의해 shRNA 발현
• GeneX를 표적으로 하는 shRNA
• CMV 프로모터에 의해 EGFP 발현

이러한 명명 방식은 벡터 구성 요소를 명확하게 나타낼 수 있어, 논문 및 바이러스 제작 서비스에서 널리 사용됩니다.

2. shRNA 기반 knockdown 바이러스 표기

shRNA를 이용한 유전자 knockdown의 일반적인 표기는 다음과 같습니다.

AAV-shGeneX

AAV-shRNA-GeneX

AAV9-U6-shGeneX

AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP

AAV9-U6-shGeneX-CMV-GFP

여기서

• shGeneX: GeneX를 타겟으로 하는 shRNA
• U6 또는 H1: shRNA 발현에 사용되는 대표적인 RNA Pol III 프로모터
• GFP / EGFP / mCherry: 감염 및 발현 확인용 리포터

대표적인 벡터 구조는 다음과 같습니다.

ITR

├─ U6-shGeneX

├─ CMV-EGFP

ITR

3. miRNA / shRNAmir 기반 knockdown 바이러스

miR30 등 miRNA backbone을 활용한 RNAi 시스템의 경우 다음과 같이 표기됩니다.

AAV-miR30-shGeneX

AAV-CAG-miR30-shGeneX-EGFP

AAV-hSyn-miR30-shGeneX

AAV9-CAG-miR30-shGeneX-GFP

AAV9-hSyn-miR30-shGeneX-EGFP

이 방식은 shRNA가 miRNA scaffold에 삽입되어 Pol II 프로모터(CAG, CMV, EF1α, hSyn 등)에 의해 발현됩니다.

기존 U6-shRNA 시스템 대비 조직 특이적 발현 및 발현 안정성이 향상될 수 있습니다.

4. CRISPRi 기반 유전자 발현 억제 시스템

CRISPR interference(CRISPRi)를 이용한 경우 일반적인 표기는 다음과 같습니다.

AAV-sgGeneX-dCas9-KRAB

AAV9-U6-sgGeneX-CMV-dCas9-KRAB

AAV9-U6-sgGeneX-EF1α-dCas9-KRAB

여기서

• sgGeneX: GeneX 프로모터 또는 조절 영역을 타겟하는 sgRNA
• dCas9-KRAB: 전사 억제 기능을 갖는 CRISPRi 시스템

단, AAV의 패키징 용량은 약 4.7 kb로 제한되어 있어 dCas9-KRAB와 sgRNA를 단일 AAV에 모두 탑재하기 어려운 경우가 많습니다.

따라서 실제 연구에서는 다음과 같은 dual-AAV 시스템이 일반적입니다.

AAV1: U6-sgGeneX

AAV2: dCas9-KRAB

따라서 “AAV-sgGeneX-dCas9-KRAB”는 전체 시스템을 의미하는 개념적 표기이며, 반드시 단일 벡터를 의미하지는 않습니다.

5. 컨트롤 바이러스 명명 방식

음성 대조군은 일반적으로 다음과 같이 표기됩니다.

AAV-shCtrl

AAV-shNC

AAV-shScramble

AAV-scrambled shRNA

AAV-U6-shNC-CMV-EGFP

여기서

• shCtrl: control shRNA
• shNC: negative control shRNA
• scramble: 무작위 서열 shRNA

실험군 표기는 다음과 같습니다.

AAV-shGeneX

AAV-U6-shGeneX-CMV-EGFP

AAV-miR30-shGeneX

6. 논문 및 실험 프로토콜에서의 권장 표기

초기 등장 시에는 전체 명칭을 사용하는 것이 권장됩니다.

본 연구에서는 GeneX를 표적으로 하는 AAV9 knockdown 바이러스(AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP)를 제작하였다. 해당 벡터는 U6 프로모터를 통해 shRNA를 발현하고, CMV 프로모터를 통해 EGFP를 발현하도록 설계되었으며, 마우스 해마에서 GeneX 발현 억제를 목적으로 사용되었다.

이후에는 다음과 같이 간략히 표기할 수 있습니다.

AAV-shGeneX 그룹

AAV-shNC 그룹

Gene knockdown 그룹

Control 그룹

7. 바이러스 제작 서비스에서의 권장 명명 규칙

바이러스 주문서, QC 보고서 및 제품 데이터시트에서는 다음과 같은 표준 형식이 권장됩니다.

AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP

AAV9-U6-shNC-CMV-EGFP

AAV9-hSyn-shGeneX-EGFP

AAV9-CAG-miR30-shGeneX-EGFP

표준 AAV knockdown 바이러스 명칭은 다음 요소를 포함해야 합니다.

• 혈청형 (AAV2, AAV5, AAV8, AAV9 등)
• 프로모터 (U6, H1, CMV, CAG, EF1α, hSyn 등)
• knockdown 요소 (shRNA, miR30-shRNA, sgRNA 등)
• 표적 유전자
• 리포터 유전자 (EGFP, GFP, mCherry 등)

따라서 일반적인 연구 및 산업 적용에서는 다음과 같은 표준 형식이 가장 권장됩니다.

AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP

이 명명 방식은 벡터 구조, 발현 카세트 구성, knockdown 전략 및 리포터 시스템을 명확하게 나타낼 수 있어 실험 관리 및 논문 작성에 매우 유용합니다.