Q1:AAV 벡터는 시퀀싱이 반드시 필요한가요?
네, 반드시 수행하는 것을 권장합니다.
시퀀싱을 통해 목적 유전자 서열의 정확성과 발현 카세트의 완전성을 확인할 수 있습니다.
Q2:AAV 벡터 시퀀싱에서 무엇을 확인하나요?
주요 확인 항목:
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목적 유전자(CDS) 서열
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프로모터 및 조절 요소
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PolyA 신호
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junction 영역
-
ITR 인접 영역
Q3:ITR 영역도 시퀀싱해야 하나요?
ITR은 강한 2차 구조를 가지므로 직접 시퀀싱이 어렵습니다.
일반적으로 ITR 양쪽 영역 분석 및 기능적 검증으로 간접 확인합니다.
Q4:어떤 시퀀싱 방법이 사용되나요?
대표적인 방법:
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Sanger 시퀀싱(플라스미드 검증)
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NGS(전체 서열 분석)
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바이러스 유전체 시퀀싱(품질 관리)
Q5:바이러스 생산 후에도 시퀀싱이 필요한가요?
프로젝트에 따라 다릅니다:
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일반 연구용:선택 사항
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고품질/임상용:NGS 분석 권장
Q6:CDS만 확인하면 충분한가요?
아니요, 충분하지 않습니다.
프로모터, PolyA 및 junction 영역까지 함께 확인해야 합니다.
Q7:시퀀싱 실패 원인은 무엇인가요?
주요 원인:
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ITR의 복잡한 구조
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높은 GC 함량
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긴 벡터 길이
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프라이머 설계 문제
Q8:시퀀싱 최적화 방법은?
권장 사항:
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프라이머 워킹 적용
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ITR 영역 회피 설계
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필요 시 NGS 병행
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